Selon les récentes découvertes archéologiques de la Cueva de Nerja, les premiers colons datent du paléolithique à l'âge du bronze, en passant par l'épipaléolithique et le néolithique, avec d'importants vestiges humains appartenant aux Cro-Magnon.
Les premières indications historiques sur la ferme Naricha ou Narija datent de la période de domination arabe. Il a dû dépendre à certains égards de Vélez Málaga, comme d'autres endroits de la région, bien que cela ne signifie pas qu'il n'avait pas sa propre entité. En fait, il avait sa propre forteresse qui était située dans la zone connue aujourd'hui sous le nom de Pago del Castillo Alto, où se trouvait cette population arabe. On en voit quelques vestiges dans l'angle formé par le sentier Frigiliana, à son carrefour avec le quartier de Cantera.
Une tour a été construite sur le littoral au XNUMXème siècle, semblable à celles qui existent ailleurs sur la côte.
Lorsqu'en 1487 les musulmans de Vélez se rendirent définitivement au roi catholique, ils furent suivis dans cette action par les habitants de la plus grande partie de l'Axarquía. Dans les Chroniques Chrétiennes, cette action est relatée et parmi les endroits mentionnés Narija, notre Nerja, est mentionnée.
Après la rébellion des Maures, déjà au XVIe siècle, une nouvelle forteresse a été érigée à la place occupée par la tour côtière du Balcón de Europa, qui sera plus tard démolie par les Français au XVIIIe siècle. Autour d'elle se concentrait la population qui avait décidé d'abandonner son emplacement d'origine.
Au XVIe siècle fut édifié l'ermitage Notre-Dame des Douleurs, sanctuaire dédié à la patronne de la ville. Ce temple contient des fresques qui recouvrent son dôme de style grenadin.
En 1655, la population atteignait 400 habitants et les rues Carmen, Iglesia, El Tajillo, Puerta del Mar, Plaza de Cavana, Calle del Corralón, aujourd'hui Gómez, ont un corps urbain, et la rue Granada commence à être tracée.
En 1660, lorsque le maire était D. Antonio de Villavicencio, le roi ordonna la construction de la Torre de los Guardas, aujourd'hui le Balcón de Europa. En 1697, la première phase de la paroisse d'El Salvador a été achevée.
Le 25 décembre 1884 se produisit un énorme tremblement de terre et à l'occasion de ces événements désagréables, Sa Majesté le Roi Alphonse XII vint à
visiter la zone touchée. Après avoir admiré la promenade de la « batterie », il l'appela officiellement le « balcon de l'Europe ». Il a également été accordé le traitement d'« Excellence » au Conseil municipal.
Au cours des deux premières décennies du XXe siècle, la route de Frigiliana a été construite et le Paseo Balcón de Europa a été urbanisé. En 1930, les rues Balcón de Europa et Calle de la Cruz et Granada furent enfin achevées. En 1950, le marché municipal a été inauguré.
La découverte de la Cueva de Nerja en 1959 est un symbole du nouveau départ et vient ensuite le grand développement touristique qui apporte progrès et prospérité et qui change l'aspect de la vie sociale de Nerja.